ضلت الكنيسة على خطتها الحالية عند إنشائها من جديد في القرن 11، و أخذت شكلها الأخير من خلال الإضافات و التجديدات التي أجريت لها بين عامي 1316-1321.

أثناء فتح القسطنطينية من قبل السلطان محمد الفاتح سنة 1453 لم تتضرر كنيسة خورا واستمر استخدامها ككنيسة لمدة طويلة. في فترة حكم السلطان بايازيد الثاني، تم تحويل المبنى إلى مسجد سنة 1511 من قبل الوزير الكبير عتيق علي باشا و أضيفت إليها مدرسة.

بعد تحويل الكنيسة إلى مسجد، فإن جميع المواد والرموز المسيحية واللوحات الجدارية والزخارف الفسيفسائية؛ تمت تغطيتها بالدهان و الكلس الأبيض على شكل طبقة رقيقة لذلك وصلت إلى يومنا هذا من دون أي تدمير أو تخريب فيه.

بعد عمليات الترميم التي أجريت للمسجد الذي تضرر نتيجة الحرائق و الزلازل سنة 1876، أخذت شهرة عالمية بجمال لوحاتها الجدارية و الزخارف الفسيفسائية. أصبح من أهم النقاط التي تجذب الرحالة الأجانب بما في ذلك الإمبراطور فيلهلم الثاني.

حصلت الكنسية على صفة المتحف في عام 1945، وخضعت للتنظيف والترميم الشامل بين السنوات 1947-1958، وتم الكشف عن الفسيفساء و اللوحات الجدارية التي تحمل سمات القرن 14 وأخذ المبنى شكله الحالي.